Từ 01/07/2026, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 chính thức có hiệu lực, mang đến nhiều thay đổi quan trọng liên quan đến việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế. So với quy định trước đây, phạm vi được mở rộng, thời hạn thực hiện được rút ngắn và một số trường hợp người nộp thuế sẽ không được tự ý khai bổ sung.

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, khi phát hiện hồ sơ khai thuế hoặc hồ sơ khai khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước đã nộp có sai sót, người nộp thuế được khai bổ sung trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ phát sinh sai sót, với điều kiện thuộc các trường hợp pháp luật cho phép.

Dưới đây là 05 điểm mới doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý.

1. Mở rộng phạm vi khai bổ sung đối với cả "khoản thu khác"

Một điểm mới đáng chú ý của Luật Quản lý thuế 2025 là phạm vi khai bổ sung không chỉ áp dụng đối với hồ sơ khai thuế, mà còn mở rộng sang hồ sơ khai các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước.

Điều này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp không nên chỉ rà soát các tờ khai quen thuộc như thuế GTGT, thuế TNDN hay thuế TNCN, mà cần kiểm tra toàn bộ các khoản thu phát sinh thuộc phạm vi quản lý của cơ quan thuế để bảo đảm thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai.

Doanh nghiệp cần rà soát:

• Hồ sơ khai thuế các loại.
• Hồ sơ khai các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước (nếu có phát sinh).

2. Thời hạn khai bổ sung được rút xuống còn 05 năm

Từ ngày 01/07/2026, thời hạn khai bổ sung được xác định là 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ phát sinh sai sót.

Quy định này yêu cầu doanh nghiệp phải chủ động phát hiện và xử lý sai sót trong thời gian sớm hơn, thay vì để kéo dài nhiều năm mới tiến hành điều chỉnh.

Doanh nghiệp cần lưu ý:

• Thường xuyên rà soát hồ sơ thuế định kỳ.
• Không để các sai sót tồn đọng quá lâu vì có thể vượt quá thời hạn được phép khai bổ sung.

3. Một số trường hợp không được tự ý khai bổ sung

Luật mới bổ sung quy định về trường hợp không được khai bổ sung khi cơ quan điều tra có yêu cầu nhằm phục vụ việc điều tra vụ án.

Khi hồ sơ đã thuộc phạm vi điều tra, người nộp thuế không được tự ý sửa đổi hoặc khai bổ sung theo ý mình.

Đây là điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý bởi việc điều chỉnh hồ sơ trong giai đoạn điều tra không còn là thủ tục hành chính thông thường mà phải thực hiện theo đúng yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền.

Doanh nghiệp cần rà soát:

• Tình trạng pháp lý của hồ sơ trước khi thực hiện khai bổ sung.
• Không tự ý điều chỉnh hồ sơ khi đã có yêu cầu của cơ quan điều tra.

4. Hồ sơ đã thanh tra, kiểm tra vẫn có cơ chế giải trình trong một số trường hợp

Đối với hồ sơ đã thuộc phạm vi hoặc thời kỳ thanh tra, kiểm tra, nếu người nộp thuế phát hiện sai sót làm:

• Tăng số thuế phải nộp;
• Giảm số thuế được miễn, giảm hoặc hoàn;
• Giảm số thuế được khấu trừ;
• Giảm số thuế đã nộp thừa,

thì vẫn có thể gửi hồ sơ giải trình bổ sung đến cơ quan thuế theo quy định.

Sau khi tiếp nhận, cơ quan thuế sẽ xem xét, rà soát và nếu đủ điều kiện sẽ ban hành thông báo để người nộp thuế thực hiện điều chỉnh hồ sơ.

Đáng chú ý, pháp luật cũng quy định trách nhiệm của công chức thanh tra, kiểm tra thuế đối với các sai sót chưa được phát hiện đầy đủ trong quá trình thực hiện nhiệm vụ.

Doanh nghiệp cần lưu ý:

Không phải mọi hồ sơ đã thanh tra, kiểm tra đều mất quyền điều chỉnh, nhưng việc bổ sung phải thực hiện đúng trình tự và thuộc trường hợp pháp luật cho phép.

5. Được khai bổ sung khi thực hiện theo kết luận hoặc quyết định của cơ quan có thẩm quyền

Trong trường hợp việc khai bổ sung được thực hiện theo kết luận hoặc quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nghĩa vụ thuế, người nộp thuế được điều chỉnh hồ sơ theo quy định.

Tuy nhiên, nếu việc khai bổ sung làm:

• Tăng số thuế phải nộp;
• Giảm số thuế được khấu trừ;
• Giảm số thuế được miễn, giảm hoặc hoàn,

thì sẽ được xử lý tương tự trường hợp sai sót do cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền phát hiện thông qua hoạt động thanh tra, kiểm tra.

Doanh nghiệp cần rà soát:

• Các kết luận, quyết định của cơ quan nhà nước liên quan đến nghĩa vụ thuế.
• Việc điều chỉnh hồ sơ phải thực hiện đúng nội dung và thời hạn quy định.

Doanh nghiệp nên chuẩn bị gì từ bây giờ?

Để hạn chế rủi ro và bảo đảm tuân thủ quy định mới, doanh nghiệp nên chủ động rà soát:

✅ Hồ sơ khai thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước.

✅ Thời hạn của từng kỳ kê khai để không vượt quá thời hạn 05 năm.

✅ Hồ sơ đang thuộc diện thanh tra, kiểm tra hoặc điều tra.

✅ Các kết luận, quyết định của cơ quan nhà nước có liên quan đến nghĩa vụ thuế.

✅ Hồ sơ, chứng từ và tài liệu giải trình phục vụ việc điều chỉnh khi cần thiết.

Kết luận

Việc khai bổ sung không còn đơn thuần là "phát hiện sai thì sửa". Từ 01/07/2026, doanh nghiệp cần quan tâm đồng thời đến điều kiện, phạm vi, thời hạn và trình tự thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025.

Chủ động rà soát hồ sơ, phát hiện sai sót sớm và thực hiện khai bổ sung đúng quy định sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro pháp lý, hạn chế các khoản xử lý phát sinh và nâng cao tính tuân thủ trong công tác quản lý thuế. Đây cũng là giải pháp quan trọng để bảo vệ quyền lợi của doanh nghiệp trong quá trình thực hiện nghĩa vụ với ngân sách nhà nước.