Từ kỳ kê khai Quý 3/2026, Thông tư 89/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực, bổ sung hướng dẫn liên quan đến việc kê khai các chỉ tiêu 37 và 38 trên Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT. Đây là nội dung doanh nghiệp, kế toán và người nộp thuế cần đặc biệt lưu ý để thực hiện kê khai đúng và bảo đảm quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Dưới đây là những trường hợp đáng chú ý theo nội dung hướng dẫn.

1. Mua hàng hóa, dịch vụ trả chậm, trả góp từ 5 triệu đồng trở lên

Đối với hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, việc thanh toán không dùng tiền mặt có thể ảnh hưởng trực tiếp đến số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.

Trường hợp 1: Chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Nếu doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ từ 05 triệu đồng trở lên nhưng đến thời điểm kê khai chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp thực hiện:

• Điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị chưa có chứng từ thanh toán.

• Khi phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng, doanh nghiệp cần thực hiện thanh toán theo đúng quy định.

• Không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong trường hợp này mà thực hiện kê khai vào chỉ tiêu phù hợp.

Theo nội dung hướng dẫn trong hình, trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt được kê khai vào chỉ tiêu 37.

Trường hợp 2: Đã có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Sau khi doanh nghiệp thực hiện thanh toán và có đầy đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, phần thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ được kê khai theo quy định.

Trường hợp này thực hiện kê khai vào chỉ tiêu 38.

Ví dụ

Doanh nghiệp mua hàng hóa có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, đến thời điểm kê khai nhưng chưa thực hiện chuyển khoản thanh toán, doanh nghiệp thực hiện kê khai vào chỉ tiêu 37.

Sau đó, khi đã thanh toán bằng phương thức không dùng tiền mặt và có đầy đủ chứng từ, doanh nghiệp thực hiện kê khai phần thuế GTGT đầu vào được khấu trừ vào chỉ tiêu 38 theo hướng dẫn.

2. Phát hiện kê khai thuế GTGT đầu vào sai, sót

Một nội dung đáng chú ý khác là trường hợp doanh nghiệp phát hiện kê khai sai, sót thuế GTGT đầu vào.

Nếu việc kê khai sai, sót dẫn đến:

• Giảm số thuế GTGT phải nộp;

• Tăng/giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau.

thì doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh tại chỉ tiêu 37 hoặc 38 của tháng, quý phát hiện sai, sót.

Đáng lưu ý

Theo nội dung hướng dẫn, doanh nghiệp không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong trường hợp này mà thực hiện điều chỉnh trực tiếp vào chỉ tiêu tương ứng trên tờ khai của kỳ phát hiện sai, sót.

Điều này giúp doanh nghiệp thuận tiện hơn trong việc xử lý các sai sót liên quan đến thuế GTGT đầu vào trong quá trình kê khai.

3. Nhận hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế

Doanh nghiệp cũng cần lưu ý trường hợp nhận hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế phát sinh trong quá trình mua bán hàng hóa, dịch vụ.

Một số trường hợp thường gặp gồm:

Trả lại hàng hóa, dịch vụ

Khi phát sinh việc trả lại hàng hóa, dịch vụ và có hóa đơn điều chỉnh theo quy định, doanh nghiệp cần xác định lại số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và thực hiện kê khai phù hợp.

Chiết khấu thương mại

Đối với trường hợp được hưởng chiết khấu thương mại dẫn đến điều chỉnh giá trị hàng hóa, dịch vụ và số thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp cần căn cứ hóa đơn điều chỉnh để kê khai.

Điều chỉnh sau quyết toán

Trường hợp phát sinh hóa đơn điều chỉnh sau quyết toán, doanh nghiệp cũng cần xác định đúng kỳ kê khai và chỉ tiêu cần điều chỉnh theo hướng dẫn.

Theo nội dung trong hình, các trường hợp nhận hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế được kê khai vào chỉ tiêu 37 hoặc 38 của kỳ tính thuế nhận được hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế, không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

4. Chỉ tiêu 37 và 38 trên tờ khai thuế GTGT có ý nghĩa gì?

Việc kê khai đúng hai chỉ tiêu 37 và 38 có ý nghĩa quan trọng trong việc xác định số thuế GTGT phải nộp hoặc số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.

Doanh nghiệp và kế toán cần đặc biệt chú ý khi phát sinh:

• Mua hàng hóa, dịch vụ trả chậm, trả góp;

• Chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt;

• Đã bổ sung chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt;

• Phát hiện sai, sót trong kê khai thuế GTGT đầu vào;

• Nhận hóa đơn điều chỉnh;

• Nhận hóa đơn thay thế;

• Phát sinh trả lại hàng hóa, dịch vụ;

• Chiết khấu thương mại hoặc điều chỉnh giá trị sau quyết toán.

Việc xác định đúng trường hợp và kê khai đúng chỉ tiêu sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót trong hồ sơ thuế và bảo đảm quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

5. Thời điểm áp dụng Thông tư 89/2026/TT-BTC

Theo nội dung thông tin được cung cấp, Thông tư 89/2026/TT-BTC áp dụng từ kỳ kê khai Quý 3/2026.

Do đó, doanh nghiệp và bộ phận kế toán cần chủ động cập nhật quy định mới, đồng thời rà soát quy trình kê khai thuế GTGT để tránh nhầm lẫn giữa quy định cũ và quy định áp dụng từ kỳ kê khai mới.

DOANH NGHIỆP CẦN LƯU Ý GÌ KHI KÊ KHAI THUẾ GTGT?

Để hạn chế rủi ro khi kê khai, doanh nghiệp nên thực hiện đồng thời các công việc sau:

1. Kiểm tra điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Đặc biệt đối với các giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên.

2. Theo dõi chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt
Đảm bảo chứng từ thanh toán được lưu trữ đầy đủ và phù hợp với hồ sơ kế toán.

3. Rà soát hóa đơn đầu vào trước khi kê khai
Kiểm tra thông tin người bán, giá trị hàng hóa, thuế suất, tiền thuế và các nội dung liên quan.

4. Xử lý kịp thời các hóa đơn điều chỉnh, thay thế
Khi nhận được hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế, cần xác định chính xác ảnh hưởng đến số thuế GTGT được khấu trừ.

5. Kiểm tra các sai sót phát hiện sau khi đã kê khai
Xác định trường hợp nào cần điều chỉnh tại kỳ phát hiện sai sót và trường hợp nào phải thực hiện khai bổ sung theo quy định.

KẾT LUẬN

Thông tư 89/2026/TT-BTC mang đến những hướng dẫn đáng chú ý đối với việc kê khai thuế GTGT, đặc biệt là các trường hợp liên quan đến thanh toán không dùng tiền mặt, kê khai sai sót và hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế.

Từ kỳ kê khai Quý 3/2026, doanh nghiệp và kế toán cần đặc biệt chú ý việc xác định và kê khai đúng chỉ tiêu 37, 38 trên Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT.

Việc kê khai đúng – đủ – kịp thời, đồng thời lưu trữ đầy đủ hóa đơn và chứng từ liên quan sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót, bảo đảm quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào và chủ động hơn trong quá trình giải trình với cơ quan thuế.